Резервирование, тест, исследование и еще раз тест
Делайте резервную копию сервера перед каждым внесением изменений и при необходимости делайте восстановление. Особенно это касается изменений в реестре.
Индивидуально проверяйте каждое приложение перед проверкой сервера со всеми приложениями и одновременными пользователями.
Когда требуемая производительность не достигнута, займитесь исследованием. Прекрасным источником информации являются архивы Listserv
